1. Jeux de données

Construction de banque avec la méthode 10X en juillet 2022. Chargement d’environ 50K cellules dans le 10X chromium avec pour objectif de récupérer 10K cellules totales. Ce jeux de données est composés de 7 conditions :

Naive
Ly49p_CD8aa Ly49p_CD8ab Ly49n
VV_Ly49p_CD8aa
VV_Ly49p_CD8ab
VV_B8R

La banque d’ARNm comprend 10293 cellules.

2. Contrôle qualité

2.1 Banque ARNm

2.1.1 Visulisation

Fig : de gauche à droite - nombre de gènes exprimés par cellules ; nombre d’UMIs par cellules ; pourcentage de gènes mitochondriaux par cellules avant contrôle qualité

2.1.2 QC : nombre d’UMIs par cellules

## [1] 326

Elimination des cellules dont la taille de la banque transformée en log est inférieure de plus de 4 MAD à la taille médiane de la banque. –> Elimine 326 cellules

2.1.3 QC : nombre de gènes exprimés par cellules

## [1] 320

Elimination des cellules dont le nombre de gènes exprimés transformés en log est de 4 MAD en dessous de la valeur médiane –> Elimine 320 cellules

2.1.4 QC : nombre de gènes mitochodriaux par cellules

## [1] 305

Elimination des cellules dont le pourcentage en gènes mitochondriaux log-transformé est supérieur de plus de 3 MAD à la taille médiane de la banque. –> Elimine 305 cellules

2.1.5 Récapitulatif des cellules éliminés et visualisation après QC

##   ByLibSize ByFeature ByFeature.1 Remaining
## 1       326       320         305      9845

On prend les les gènes qui sont exprimés dans minimum 5 cellules.

3. Normalisation et association des tags aux cellules

Normalisation des ARNm : sctransform Normalisation des tag : CLR (centered-log ratio)

## 
##  Doublet Negative  Singlet 
##     1432       99     8310

Après démultiplexing (concordance des barcode cell entre la banque ARNm et HTO), 8310 cellules sont exploitables.

3.1 Visualisualisation de l’enrichissement et des counts pour les HTO

3.2 Comparaison du nombre d’UMIs pour les cellules uniques et les doublets de cellules