Construction de banque avec la méthode 10X en juillet 2022. Chargement d’environ 50K cellules dans le 10X chromium avec pour objectif de récupérer 10K cellules totales. Ce jeux de données est composés de 7 conditions :
Naive
Ly49p_CD8aa Ly49p_CD8ab Ly49n
VV_Ly49p_CD8aa
VV_Ly49p_CD8ab
VV_B8R
La banque d’ARNm comprend 10293 cellules.
Fig : de gauche à droite - nombre de gènes exprimés par cellules ; nombre d’UMIs par cellules ; pourcentage de gènes mitochondriaux par cellules avant contrôle qualité
## [1] 326
Elimination des cellules dont la taille de la banque transformée en log est inférieure de plus de 4 MAD à la taille médiane de la banque. –> Elimine 326 cellules
## [1] 320
Elimination des cellules dont le nombre de gènes exprimés transformés en log est de 4 MAD en dessous de la valeur médiane –> Elimine 320 cellules
## [1] 305
Elimination des cellules dont le pourcentage en gènes mitochondriaux log-transformé est supérieur de plus de 3 MAD à la taille médiane de la banque. –> Elimine 305 cellules
## ByLibSize ByFeature ByFeature.1 Remaining
## 1 326 320 305 9845
On prend les les gènes qui sont exprimés dans minimum 5 cellules.